微生物指标是衡量食品安全常见、重要的因素之一。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、、失去营养价值，还会危害人类的健康和安全。微生物检测是食品检测的重要项目，餐饮业、加工食品的微生物指标都需要达到标准，否则将危害人类健康。
大肠杆菌、大肠埃希氏菌、菌落总数、酵母和霉菌数量、绿脓杆菌、李斯特氏菌、、、阪崎肠杆菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、商业无菌、、产气荚膜梭菌、无菌测试、微生物限量、肠道球菌数、下菌落总数等；
常规项目：菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等；
致病菌：、单核增生李斯特氏菌、志贺氏菌、、副溶血性弧菌、、创伤弧菌、弯曲杆菌属、阪崎肠杆菌、绿脓杆菌、溶血性链球菌、肉毒梭菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽孢杆菌、大肠埃希氏O157：H7/NM、致泻大肠埃希氏菌、溶藻弧菌等；
其他：军团菌、乳酸菌、罐头食品的商业无菌、肠杆菌科、嗜渗酵母、粪链球菌、粪大肠菌群、肠杆菌属、落总数、厌氧亚盐还原菌、需氧嗜温菌芽孢、厌氧嗜温菌芽孢、嗜热嗜酸菌、嗜热菌落总数、白色念珠菌等；
实时PCR快速检测：、单核增生李斯特菌、大肠杆菌O157:H7/NM
抗菌性测试：塑料制品，陶瓷，其他抗菌材质
药典常规测试：USP 62，ChP
国标：GB 4789、GB/T 5009系列
进出口食品检测 SN/T 系列、HG系列
