萤石的晶体结构存在“空洞”，很容易被其他离子填充，在自然界中，无色透明的纯净萤石极其稀少。这种结构缺陷，也让萤石成为颜色丰富的石头，因为含有铁、镁、铜等离子，绿、紫、黄、蓝、棕、橙、粉……萤石几乎可以呈现任何一种颜色，如果把这些颜色找齐，会比彩虹还美丽，很多人称萤石为“彩虹宝石”。
萤石可以进行改色加工，加热处理在萤石中较为常见，通过加热可使暗蓝至黑色萤石变成蓝色。一般来说，这种加热处理的萤石很难鉴别，其颜色在300℃以下的环境中是稳定的。
在萤石加工过程中，还会经常充填塑料或树，其主要目的是愈合表面裂隙，使其在加工或佩戴时不产生裂隙。经充填处理的萤石的鉴定主要有以下几个方面：
1、放大检查缝隙。
2、热针测试可熔树和塑料。
3、紫外荧光观察，充填的塑料和树可有特征荧光。
4、辐照处理：无色的萤石通过辐照可产生紫色。辐照处理的萤石极不稳定，遇光就会褪色，这种处理方法不具实用价值。
